W grudniu 1955 r. objął stanowisko asystenta w Zakładzie Fonograficznym Uniwersytetu Poznańskiego, od 30 sierpnia 1965 roku był starszym asystentem. Na początku września został adiunktem (praca o Gwarze chazackiej w powiecie rawickim napisana pod kierunkiem prof. Zenona Sobierajskiego, wydana w 1970 roku). Cztery lata później, w wyniku likwidacji Pracowni Archiwizacji Gwar, zatrudniony został najpierw w Zakładzie Języka Polskiego Instytutu Filologii Polskiej, a od maja 1974 Zakładzie Dialektologii Polskiej IFP. Habilitowany w 1977 roku, od 26 października 1990 roku profesor zwyczajny. W latach 1978–1986 pełnił funkcję wicedyrektora IFP, był prodziekanem Wydziału Filologicznego (1985) i kierownikiem Zakładu Dialektologii Polskiej (1987). Przez badaczy zwany „cichym dialektologiem”, przez współpracowników „Heniutkiem”.
Zmarł 30 marca 2010 roku w Poznaniu. Pochowany został na cmentarzu Junikowskim.
Kariera naukowa Henryk Nowak zajmował się głównie opracowywaniem map do atlasu wielkopolskiego, zbieraniem materiałów do (mającego powstać) słownika gwary chazackiej oraz wyborem tekstów gwarowych z terenów południowej Wielkopolski.