Kolejkę była modernizowana w latach 1903 i 1906.
Do wybuchu I wojny światowej na jej wyposażeniu znajdowało się 14 parowozów. Po 1915 roku rozebrano większość torów. Prawdopodobnie podczas I wojny światowej zachowano połączenie między Podgórzem a Dworcem Głównym, umożliwiające transport materiałów. Po I wojnie światowej z infrastruktury korzystało Wojsko Polskie.
Kolejka przechodziła przez Glinki, podczas II wojny światowej była używana do przewiezienia materiałów pod budowę Stalagu 312/XX C. Kolejkę zdemontowano na początku lat 70. XX wieku. W 2017 roku Fundacja Pamięć podczas poszukiwania grobów ofiar obozu jenieckiego odnalazła na Glinkach fragmenty kolejki.
Kolejka Twierdzy Toruń Po wkroczeniu wojsk rosyjskich na teren Prus Wschodnich w sierpniu 1914 roku w Toruniu rozpoczęto dozbrajanie armii mającej bronić Twierdzy. Demontowane przęsła torów kolejki poligonowej wykorzystano do budowy drogi kolejowej łączącej Toruń Główny ze stacjami Toruń Mokre (obecnie: Toruń Wschodni) i Toruń Północny.