Budowa i funkcja mały|Struktura części transmembranowej glikoforyny A Glikoforyna A zbudowana jest z pojedynczego łańcucha polipeptydowego, liczącego 131 reszt aminokwasowych, do którego przyłączonych jest około 16 jednostek oligosacharydowych (1 łańcuch N-glikozydowy i 15 łańcuchów O-glikozydowych). W strukturze można wyróżnić 3 domeny: zewnątrzkomórkową zawierającą N-koniec (72 reszty aminokwasowe oraz wszystkie łańcuchy oligosacharydowe) część transmembranową (23 reszty aminokwasowe) wewnątrzkomórkową część zawierającą C-koniec (36 reszt aminokwasowych)
Pierwsze 26 reszt aminokwasowych w glikoforynie A i B jest takich samych. Większość O-glikanów zawiera jedną lub dwie reszty kwasu sjalowego. Większość N-glikanów ma kompleksową strukturę dwuantenową. Niektóre N- i O-glikany zawierają dodatkowo antygeny układu układu grupowego ABO. alt=|mały|Struktura O-glikanu glikoforyny A (najczęściej występująca forma) Glikoforyna A jest dimerem w błonie lipidowej, w której tworzy kompleksy z białkiem pasma 3 (Band 3), Występuje w liczbie 1x106 częsteczek na erytrocyt.
Erytrocyty osób, u których w wyniku mutacji glikoforyna A jest nieobecna, wykazują prawidłową budowę, ale mają zmienioną strukturę białka pasma 3 (Band 3).