W procesie naturalnej fermentacji drożdże są wykorzystywane do produkcji niskokalorycznego słodzika erytrytolu, który nie wywołuje nietolerancji pokarmowej i nie wpływa na poziom insuliny we krwi, dzięki czemu może być bezpiecznie stosowany przez diabetyków oraz w dietach niskoenergetycznych. Używa się do tego celu głównie drożdży Torula sp. i . Erytrytol jest używany nie tylko jako słodzik, ale także jako substancja utrzymująca wilgoć, wzmacniacz aromatów, środek zagęszczający, stabilizator, środek teksturotwórczy oraz sekwestrant i ma zastosowanie w cukiernictwie, piekarnictwie, produkcji napojów bezalkoholowych i mleczarstwie. Produkcja kwasów organicznych Najważniejsze kwasy organiczne produkowane przy udziale mikroorganizmów to kwas cytrynowy, glukonowy, mlekowy i L-askorbinowy (witamina C). Zdolność do wytwarzania kwasu cytrynowego mają niektóre drożdże z rodzajów: Candida, , Pichia, Debaryomyces, Torula, , , Saccharomyces, Zygosaccharomyces i Yarrowia. Zwykle używa się do tego celu grzybów strzępkowych Aspergillus niger, ale drożdże Yarrowia lipolytica mogą produkować ten kwas ze znacznie szerszej gamy surowców i znoszą wyższe stężenia składników mineralnych i pierwiastków śladowych, dzięki czemu można je wykorzystać do produkcji tego kwasu z naturalnych surowców odpadowych (np. melasowych czy porafinacyjnych). Drożdże wykorzystywane są także do produkcji kwasu izocytrynowego, kwasu α-ketoglutarowego. Drożdże paszowe