holenderski przyrodnik Anton van Leeuwenhoek po raz pierwszy zaobserwował drożdże pod mikroskopem, ale wówczas nie uważał ich za żywe organizmy. Theodor Schwann rozpoznał je jako grzyby w 1837 roku. W 1857 roku francuski mikrobiolog Ludwik Pasteur wykazał, że wtłaczając tlen do bulionu drożdżowego, można zwiększyć wzrost komórek, ale fermentacja zostaje zahamowana – obserwację tę nazwano później „efektem Pasteura”. Pasteur wykazał, że fermentację alkoholową prowadzą żywe drożdże, a nie katalizator chemiczny. Proces fermentacji cukrów z udziałem drożdży został naukowo udowodniony w 1860 r.
Pod koniec XVIII wieku zidentyfikowano dwa szczepy drożdży stosowane w browarnictwie: Saccharomyces cerevisiae (tzw. drożdże górnej fermentacji) i Saccharomyces pastorianus (drożdże dolnej fermentacji). Od 1780 r. Holendrzy rozpoczęli sprzedaż drożdży do wypieku chleba, a około 1800 roku Niemcy rozpoczęli je wytwarzać w postaci kremu. W 1825 r. opracowano metodę usuwania z nich cieczy, dzięki czemu można je było przygotować w postaci stałych bloków. W 1867 r. zastosowano do tego prasę, co umożliwiło przemysłową produkcję bloków drożdżowych. W 1872 r.