W większości szkołę oceniono miernie (1787, 1788), bardzo źle (1786, 1791), nędznie (1785) lub nikczemnie (1792), choć Piramowicz wystawił jej ocenę dobrą (1782). Brak reakcji na zalecenia KEN mógł być efektem silnej pozycji komunistów i możnego protektoratu Jana Pawła Woronicza, często goszczącego w Węgrowie, jak również wsparciu Michała Jerzego Poniatowskiego, biskupa płockiego. W 1786 prefektem szkoły został ksiądz Felicjan Anchigierski (matematyk).
Królestwo Polskie W okresie Królestwa Polskiego placówką zarządzał rektor. Od 1800 do 1831 był to z urzędu proboszcz węgrowski, który to urząd sprawował ksiądz Jakub Białobrzeski (jednocześnie prefekt szkoły). Zastępował go wicerektor, ksiądz Mateusz Jasiński. Profesorów było wówczas trzech (księża: Wojciech Pawiński, historyk, fizyk i arytmetyk, Jan Lipka, polonista i łacinnik oraz Teofil Bernard, germanista i historyk naturalny). W 1830 rangę profesora uzyskali też: polonista i łacinnik, ksiądz Ignacy Jemielity, polonista, łacinnik i fizyk, ksiądz Jan Matelski, jak również germanista i kaligraf, ksiądz Franciszek Besuch. Zdarzali się również nauczyciele świeccy.