We wrześniu 2001 okręt uczestniczył w międzynarodowej operacji OPEN SPIRIT 01 (operacja niszczenia pozostałych po I i II wojnie światowej niewybuchów), wraz z niszczycielem min ORP „Czajka” u wybrzeży Estonii. W okresie październik – listopad 2001 roku ORP „Śniardwy” wraz z niszczycielami min ORP „Czajka”, ORP „Flaming” oraz trałowcami OORP „Wigry”, „Mielno”, „Resko” i „Drużno” uczestniczył w sprawdzeniu wód poligonu pomiędzy Ustką a Wickiem Morskim. W dniach 5-20 czerwca 2003 roku okręt brał udział w międzynarodowych ćwiczeniach BALTOPS 03, wraz z trałowcem ORP „Wigry”, fregatą ORP „Gen. T. Kościuszko”, okrętem podwodnym ORP „Sęp” i okrętem transportowo- minowym ORP Gniezno. 19 marca 2004 roku wraz z trałowcami ORP „Wigry” i ORP „Wdzydze” oraz śmigłowcem ratowniczym Mi-14PS brał udział w akcji poszukiwania pilota samolotu Su-22, z którym to utracono kontakt (w ostateczności pilot został uratowany przez załogę śmigłowca).