Był rektorem Podhalańskiej Państwowej Uczelni Zawodowej w Nowym Targu – Podhalańskiego Ośrodka Nauk Ekonomicznych Podhalańskiej Państwowej Uczelni Zawodowej w Nowym Targu i Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie i członkiem Rady Dyscypliny Ekonomia i Finanse Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie. W 2020 roku wokół rektora narosły kontrowersje w związku z oskarżeniami o wykorzystywanie i kradzież intelektualną, które zostały postawione przez dwóch byłych doktorantów Roberta Włodarczyka. Prokuratura umorzyła jednak śledztwo z powodu braku wystarczających dowodów. Rok później został odwołany ze stanowiska przez Kolegium Elektorów (za odwołaniem go głosowało 22 na 23 senatorów), które uznało, że rektor nie może dalej prowadzić uczelni ze względu na nepotyzm, chaos administracyjny oraz liczne, nieustalone z nikim zmiany w wewnętrznych dokumentach, o które został oskarżony przez swoich pracowników.
23 grudnia 2021 roku do prokuratury wpłynęło zawiadomienie o możliwości popełnienia przestępstwa przez Roberta Włodarczyka poprzez uniemożliwianie wykonywania czynności służbowych dr