Broń może być dostosowane poprzez "modyfikacje broni", którą można znaleźć lub nabyć w całej grze. Gracz może dodać lunety, tłumiki lub celowniki laserowe, poprawić celność, powiększyć magazynek, lub zmniejszyć odrzut i skrócić czas przeładowania. Nie wszystkie modyfikacje są dostępne do wszystkich broni, na przykład, rakieta nie może być wyciszona, a do zwykłego pistoletu nie można dołączyć tłumika (jest jednak jego specjalna wersja).
Gracze są dodatkowo zachęcani do dostosowywania swoich postaci poprzez umieszczenia nanotechnologicznych wszczepów, dających nadludzkie moce. Choć gra zawiera 18 różnych, gracz może zainstalować maksymalnie 9, ponieważ każdy musi być stosowany na pewnej części ciała: jeden w ręce, jeden w nodze, w oczach i głowie, dwa pod skórą, a trzy w tułowiu. To zmusza gracza do starannego wybrania pomiędzy korzyściami a wadami, np. niewidzialność dla organizmów żywych lub niewykrywalność dla urządzeń elektronicznych.
Decyzje gracza mają często istotny wpływ zarówno na rozgrywkę, jak i fabułę, np. NPC będą reagować na różne sposoby prowadzenia rozmowy, w zależności od wybranej odpowiedzi (np.