W kwietniu 2007, w wywiadzie dla magazynu PC Zone stwierdził:
Po niepowodzeniu w Origin, przeniósł się do Looking Glass i spróbował opracować kolejną koncepcję o nazwie Junction Point. Ostatecznie do realizacji nie doszło z powodu bankructwa. Wówczas opracował ostatnią koncepcję gry o nazwie Shooter. Po małych kontrowersjach, został przydzielony do ION Storn.
20 lutego 1998 roku ogłoszono wykorzystanie silnika Unreal Engine (wcześniej myślano także o silniku Quake'a)
W kwietniu 1999 ukazano pierwszą publiczną wersję alfa. Sporządzono kilka pierwszych misji, m.in. na Wyspie Wolności, w Battery Park i Hell's Kitchen.
Platformy Deus Ex od początku był tworzony na komputery osobiste – choć posiada kilka portów na inne platformy, to wersja PC posiada najwięcej poprawek. Gracze pecetowi jako pierwsi dostali patche dodające tryb gry wieloosobowej i SDK pozwalające tworzyć nowe poziomy.
4 kwietnia 2000 Westlake Interactive zapowiedziała stworzenie portu dla Macintosha. Ostatecznie został ukończony 7 lipca, a wydany 15 lipca 2000 (dystrybucją zajęła się firma Aspyr Media). Po premierze stworzono wersję demo podobną tą z wersji PC i patch dodający tryb gry wieloosobowej.