W następnej kolejności Soon-Shiong zbudował firmę farmaceutyczną APP Pharmaceuticals, produkującą leki generyczne, którą następnie sprzedał niemieckiemu koncernowi Fresenius za ok. 4,6 mld dolarów. W 2014 r. do sądu w Panama City złożono pozew, w którym zarzucono jego kolejnej firmie NantHealth zaangażowanie w licznie wątpliwe działalności. W tym samym roku czasopismo Forbes podkreślało, że Patrick Soon-Shiong ma skłonność do popadania w konflikty ze współpracownikami i inwestorami. W następnych latach zmagał się on z kontrowersjami wokół NantHealth oraz kolejnej swojej firmy NantKwest, w efekcie których kursy ich akcji na giełdach mocno spadły, a inwestorzy pozywali go w związku ze spadkiem wartości spółek. Soon-Shiong został także pozwany przez piosenkarkę Cher, która oskarżyła go o oszustwo, na skutek którego sprzedała udziały w firmie farmaceutycznej za ułamek wartości giełdowej. W 2016 r. Soon-Shiong założył firmę Cancer MoonShot 2020, która zapewniała, że „pokona raka w ciągu czterech lat”.