Większość gatunków Mucoromycota we wcześniejszych klasyfikacjach zaliczana była do sprzężniaków (Zygomycota). Badania molekularne potwierdziły, że Zygomycota nie są monofiletyczne. Schussler i in. w 2001 r. usunęli z Zygomycota arbuskularne grzyby mykoryzowe i zdefiniowali je jako oddzielną gromadę grzybów kłębiakowych (Glomeromycota). Lutzoni i in. w 2004 r. w badaniu r-RNA SSU i LSU wykazali, że rzędy Zygomycota zajmowały co najmniej 4 różne linie monofiletyczne. Również White i in. w 2006 r. w analizie operonu r-RNA potwierdzili parafiletyczny charakter tradycyjnych grup Zygomycota. W ich analizie takson ten można podzielić na trzy niezależne klady (White i in. 2006) lub cztery, a nawet więcej kladów (Lutzoni i in. 2004).
Według aktualizowanej klasyfikacji 'Species Fungorum do Mucoromycota należą taksony: klasa Barbatosporomycetes Tedersoo, Sánchez-Ramírez, Kõljalg, Bahram, Döring, Schigel, T. May, M. Ryberg & Abarenkov 2018 klasa Endogonomycetes Doweld 2014 klasa Kickxellomycetes Tedersoo, Sánchez-Ramírez, Kõljalg, Bahram, Döring,