Od 20 stycznia 1890 do 12 marca 1899 roku pełnił różne obowiązki w Kancelarii Generał-Gubernatora Warszawskiego. Zatrudniony jako pomocnik referenta w randze sekretarza kolegialnego (X ranga cywilna, nadana 9 stycznia), 1 listopada 1892 roku mianowany urzędnikiem do specjalnych poruczeń VI klasy przy generał-gubernatorze. Od 12 czerwca 1895 roku pełnił obowiązki urzędnika do specjalnych poruczeń V klasy, choć oficjalny awans nastąpił dopiero 24 stycznia 1899 roku. W tym czasie został trzykrotnie awansowany w tabeli rang: 4 maja 1892 roku został mianowany radcą tytularnym (IX ranga cywilna), 16 marca 1895 roku został awansowany do rangi asesora kolegialnego (VIII cywilna), zaś po trzech latach, 11 listopada 1898 roku został radcą nadwornym (VII ranga cywilna). Jednym z pierwszych przydziałów Małajewa była praca w komisji zajmującej się finansami Warszawskich Teatrów Rządowych – pełnił w niej obowiązki referenta od 28 maja 1892 roku. Zdarzyło mu się również prowadzić tajne śledztwo (przydział 10 września 1893 roku) i zajmować się (w odpowiedniej komisji od 14 stycznia). Nadzorował też od 3 stycznia 1898 roku podległą Kancelarii drukarnię. Gros swojej działalności służbowej w tym okresie poświęcił jednak sprawie budownictwa cerkiewnego.