Inne źródła przychodów funduszu to opłaty ustanowione ustawami: o transporcie drogowym, o przewozie towarów niebezpiecznych, Prawem o ruchu drogowym, ustawą o ochronie zwierząt, Prawem o miarach, ustawą o tachografach i ustawą o systemie monitorowania transportu drogowego i kolejowego.
Budżet W każdym kolejnym roku budżetowym dysponent dokonuje podziału kwoty planowanych przychodów Funduszu, która od początku obowiązywania ustawy wynosiła 800 mln zł (od 2024 roku podniesiono ją do 1 mld zł). Podział środków między województwa jest dokonywany na podstawie przepisów rozporządzenia Rady Ministrów. Dodatkowo fundusz posiada rezerwę w wysokości 5% środków.
Wydatkowanie środków Wysokość dopłat Dofinansowanie jest przyznawane w formie dopłaty do kwoty deficytu pojedynczej linii komunikacyjnej. Jednocześnie organizator (samorząd terytorialny) był zobowiązany dopłacić do kwoty deficytu na danej linii komunikacyjnej nie mniej niż 10 procent ze środków własnych.
Początkowa stawka dopłaty do przejechanego kilometra wynosiła nie więcej niż 1 zł, a 1 kwietnia 2020 roku została podniesiona do 3 zł.