10 września 1917 roku okręt zatonął wraz z całą, liczącą 27 osób załogą, w wyniku eksplozji własnej miny nieopodal Cork (na pozycji ). 31 października tego roku leżący na głębokości 13 sążni wrak UC-42 został zlokalizowany i spenetrowany przez brytyjskich nurków. 6 listopada 2010 roku wrak został powtórnie zlokalizowany przez amatorskich nurków z Cork na głębokości 27 metrów.
Podsumowanie działalności bojowej SM UC-42 odbył sześć rejsów operacyjnych, w wyniku których zatonęło 14 statków o łącznej pojemności BRT, a slup o wyporności ton został uszkodzony. Na pokładach zatopionych i uszkodzonych jednostek zginęło co najmniej 38 osób, w tym 11 na brytyjskim uzbrojonym trawlerze HMT „George Milburn”. Pełne zestawienie zadanych przez niego strat przedstawia poniższa tabela: