W trzecim wyścigu sezonu zajął trzecie miejsce, co było spowodowane wyraźnie słabszą formy bolidu BGP 001 w mokrych warunkach w stosunku do bezkonkurencyjnego RB5 Red Bulla, który dowiozło dublet. W Grand Prix Bahrajnu po miernych kwalifikacjach sądzono, że tym razem Brytyjczyk nie ma szans na zwycięstwo. Ostatecznie jednak dzięki świetnej formie wyścigowej oraz błędom strategicznym zespołu Toyota, Button odniósł trzecie zwycięstwo w sezonie. W piątym wyścigu w kalendarzu na torze w Barcelonie, Button odniósł kolejne, czwarte zwycięstwo w sezonie, kończąc wyścig przed resztą stawki z dużą przewagą czasową. BGP001 na torze w Monako również okazał się świetny, przynosząc piąte zwycięstwo brytyjskiemu kierowcy i zespołowi Brawn. 7 czerwca 2009 roku na torze w Stambule (Turcja) Button po raz kolejny odniósł zwycięstwo. Było to jednak ostatnie zwycięstwo Brytyjczyka w tym roku.
Druga część sezonu, w porównaniu do pierwszej, dominującej w jego wykonaniu, nie była jednak tak dobra, czego dowodem było zaledwie dwukrotne stanięcie na podium, podczas Grand Prix Włoch (2 msc) oraz kończącym cykl Grand Prix Abu Zabi (3 msc).