W 1991 do Ministra Ochrony Środowiska Zasobów Naturalnych i Leśnictwa został skierowany projekt powiększenia parku. Zakładał powiększenie obszaru zlewni Piwonii i Włodawki wchodzących w obręb parku. Pierwotnie park zajmował tylko część ich zlewni, co uniemożliwiało kontrolę stanu stosunków wodnych na terenie parku, a tym samym zagrażało zachowaniu jego walorów przyrodniczych, jako parku o charakterze wodno-torfowiskowym. W projekcie wzięto pod uwagę także powstanie w 1991 rezerwatu torfowiskowego Bagno Bubnów o powierzchni 1600 ha. 1 lutego 1994 obszar parku został powiększony do 9647,73 ha, otrzymał także strefę ochronną o powierzchni 13 624,25 ha.
Flora Roślinność parku jest bardzo bogata. Obfituje w gatunki typowe dla terenów podmokłych i bagiennych. Na terenie parku występuje około tysiąca gatunków roślin naczyniowych, z czego 170 to gatunki rzadkie, 81 podlega ochronie gatunkowej, a kolejnych 15 znajduje się w Polskiej czerwonej księdze roślin.