W krypcie kaplicy spoczęły doczesne szczątki Karola Scheiblera i jego dwóch wcześnie zmarłych synów – Leopolda i Feliksa. W późniejszych latach pochowani tam zostali kolejni członkowie rodziny, w tym syn Karol Scheibler IIPolski słownik biograficzny [Sapieha Jan, Szroeder Eliasz], t. XXXV, Kraków, Warszawa 1994, s. 430. oraz wdowa po zmarłym, Anna Scheibler.
Lata 1945–1989 Tragiczny był los kaplicy po 1945. Obiekt, tak jak i cały teren Starego Cmentarza Ewangelicko-Augsburskiego, był bezkarnie dewastowany i rozkradany. Krypta grobowa została sprofanowana, szczątki zmarłych i trumny zniszczone. Nieliczna parafia ewangelicka nie była zdolna dopilnować porządku na cmentarzu, władze zaś nie wykazywały żadnego zainteresowania ochroną zabytkowego terenu. Stan kaplicy pogarszał się z każdym dziesięcioleciem.
Działania zmierzające do zabezpieczenia obiektu podjęto dopiero w drugiej połowie lat 70. XX w. W 1978 wykonano szczegółową inwentaryzację fotogrametryczną kaplicy (pod kierunkiem jednego z obecnych współzałożycieli Fundacji na rzecz Ratowania Kaplicy Karola Scheiblera, inż. Jacka Tyrowicza), zamurowano okna, teren symbolicznie zabezpieczono siatką.