Aresztowania Aresztowania rozpoczęto jeszcze podczas zajść na Rynku. Część osób wyciągano z tłumu, ale najczęściej aresztowano osoby wracające do domu. Aresztantów umieszczano w samochodach, które po napełnieniu zawoziły ich do siedziby WUBP mieszczącej się na Placu Inwalidów. Tam podczas rewizji i spisywania danych personalnych musieli stać twarzą do ściany pod lufami karabinów. Potem umieszczano ich w celach znajdujących się w podziemiu.
Po zakończeniu demonstracji funkcjonariusze UB przeprowadzili pacyfikację II Domu Studenckiego UJ mieszczącego się przy ulicy 3 Maja. Został on około godziny 14-tej otoczony kordonem i po oddaniu strzałów funkcjonariusze wkroczyli na teren akademika. Przeprowadzono rewizję w poszukiwaniu broni, zamknięte drzwi były wyłamywane. Aresztowano około 800 osób, które przewieziono do koszar na Zakrzówku. Akcja odbyła się bez zgody władz akademickich, a jako powód podano ostrzelanie przejeżdżającego obok patrolu. Pod koniec akcji na miejsce przyjechali rektor UJ T. Lehr- Spławiński, D. Szymkiewicz pełniący funkcję dziekana, S. Pigoń będący opiekunem Bratniej Pomocy i J. Deszcz. Wzięli oni udział w rewizji, ale żadnej broni nie znaleziono.