Uczestniczył w kampanii wrześniowej. W trakcie okupacji będąc żołnierzem ZWZ-AK, pełnił na polecenie przełożonych funkcję lekarza urzędowego w więzieniu gestapo na Pawiaku w Warszawie. Walczył w powstaniu warszawskim, jako oficer Szefostwa Służby Zdrowia KG AK, udzielając pomocy lekarskiej w szpitalach polowych. Razem z rannymi żołnierzami trafił do Stalagu XI A w Altengrabow.
Przez Londyn trafił do Polskiego Szpitala Wojskowego w Taymouth Castle. Do Polski powrócił w 1946. Od 1 kwietnia 1948, w stopniu komandora podporucznika, pełnił służbę w Szpitalu Garnizonowym w Oliwie. 23 listopada 1949 został aresztowany. W tzw. Procesie Generałów został skazany na 10 lat więzienia. 24 kwietnia 1956 został zrehabilitowany przez Najwyższy Sąd Wojskowy, a śledztwo w tej sprawie zostało umorzone. Po uwolnieniu pracował w ambulatorium Ubezpieczalni Społecznej w Warszawie. Na emeryturę przeszedł w 1973.
Zmarł 5 marca 1980 w Warszawie. Pochowany na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach (kwatera B39-8-1)Wyszukiwarka cmentarna - Warszawskie cmentarze. thumb|Nagrobek Szczepana Wacka na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach Ordery i odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Wojennego Virtuti Militari nr 12343 – 16 sierpnia 1948 Złoty Krzyż Zasługi – 25 maja 1939 „za zasługi w służbie wojskowej”.