Zlewnia Powierzchnia zlewni w zależności od źródła wynosi 21,7089 km² (w tym 42,57% na terenie Warszawy) lub 19,6 km². Na jej obszarze położone są liczne zbiorniki wodne, w tym jezioro Zgorzała, stawy Pozytywka, Wąsal, Krzewiny, Glinianki pod Lasem, Staw Lipkowski, staw Czyste, Głęboki Staw i staw Nowe Ługi. Jego dopływami są m.in. rowy RA–1 i RA–2 (inne nazwy: J–3–1 i J–3–2), rów R–B (J–2), a także kolektor B–4 (R–1 lub J–3–3) przebiegający wzdłuż południowej granicy Warszawy, oddzielając ją od Mysiadła. W okolicy ulicy Karmazynowej w Dąbrówce znajduje się odnoga o nazwie Stary Kanał Jeziorki. Ciek zasilany jest także poprzez sieć drenarską z terenu Ursynowa, która w dużej mierze pochodzi z czasów sprzed II wojny światowej.
Ciek przepływa przez tereny o podłożu gliniastym. Niektóre leżące w jego zlewni zbiorniki wodne (Zgorzała, Glinianki pod Lasem) są w całości lub częściowo byłymi wyrobiskami tego materiału. Ponadto wzdłuż doliny Kanału Jeziorki występują piaski humusowe i namuły den dolinnych. Na terenie Warszawy przepływa głównie przez obszary zabudowy jednorodzinnej, w powiecie piaseczyńskim zabudowa jest bardziej intensywna, blisko ujścia, w gminie Konstancin-Jeziorna poziom urbanizacji znów zmniejsza się.