22 grudnia 2009 roku Sąd Rejonowy Gdańsk-Północ w Gdańsku wydał postanowienie o ogłoszeniu upadłości Stoczni Marynarki Wojennej SA z możliwością zawarcia układu z wierzycielami. Ze względu na pogarszającą się sytuację i brak perspektyw zawarcia układu z wierzycielami, w dniu 7 kwietnia 2011 r. Sąd Rejonowy Gdańsk-Północ w Gdańsku wydał postanowienie zmieniające sposób prowadzenia postępowania upadłościowego z postępowania z możliwością zawarcia układu na postępowanie obejmujące likwidację majątku upadłego.
W maju 2017 została podpisana umowa przedwstępna na zakup majątku będącej w upadłości likwidacyjnej Stoczni Marynarki Wojennej w Gdyni. Jedynym oferentem w przetargu była spółka PGZ Stocznia Wojenna, spółka utworzona w tym samym roku przez Polską Grupę Zbrojeniową.
W 2018 stocznia odnotowała stratę na działalności w wysokości 26,56 mln złGdyńska Nauta i Marynarka Wojenna na minusie. „Odbudowa stoczni w wydaniu PiS to ideologia”Państwowe stocznie już przed epidemią koronawirusa były w kryzysie. „Rząd kompletnie zmarnował ostatnie lata”. W efekcie podjęto szereg działań restrukturyzacyjnych, wśród nich m.in. przeznaczenie na sprzedaż 7 ha terenów stoczni przy ul. Śmidowicza 48 za cenę ofertową 85 mln zł nettoStocznia Wojenna w Gdyni sprzedaje 7 hektarów terenu z dostępem do morza.