Pod koniec 1864 r. nieukończony gmach, w ramach represji popowstaniowych, został zarekwirowany na cele wojskowe, a wkrótce przekazany Cerkwi Prawosławnej. W 1866 r. władze zadecydowały o urządzeniu w murach kościoła cerkwi p.w. Matki Boskiej Przeczystej.
W rezultacie wieloletnich starań parafian o zwrot gmachu świątyni, w 1877-1878 generał gubernator grodzieński zezwolił na negocjacje z Cerkwią w sprawie zwrotu kosztów poniesionych przez nią na adaptację budowli. Negocjacje skończyły się jednak fiaskiem i w rezultacie powzięto decyzję o budowie nowego murowanego kościoła w innej lokalizacji, przy wykorzystaniu wyasygnowanej przez władze sumy 24889,19 rubli. Opracowano dwie wersje projektu – jeden utrzymany w formach neoromańskich, drugi - w formach neorenesansowych, oba znacznie mniej okazałe co do skali od świątyni projektu Marconiego. 17 października 1878 zatwierdzony został drugi z tych projektów, sygnowany przez inż. gubernialnego Wasilija Fiedorowicza Niebolsina i arch. gubernialnego Iwana Ignatjewicza Kalenkiewicza. W 1881 r. rozpoczęto wznoszenie kościoła, a 29 września 1883 ukończono prace i oddano budowlę rzymskokatolickim władzom duchownym. W narożniku terenu kościelnego została wzniesiona murowana dzwonnica z bramą w przyziemiu.