W latach 2001–2002 w Belmarsh przetrzymywano więźniów na czas nieokreślony i bez postawienia im zarzutów, zgodnie z postanowieniami części 4 (). Z tego powodu okrzyknięto je „brytyjską wersją Guantanamo Bay”. Lordowie prawa (członkowie Izby Lordów reprezentujący najwyższy sąd apelacyjny) orzekli w 2004 r., że takie uwięzienie jest dyskryminujące i sprzeczne z Europejską Konwencją Praw Człowieka.
W 2009 r. wykopaliska archeologiczne na terenie więzienia doprowadziły do odkrycia liczącej 6000 lat drewnianej platformy lub pomostu. Jest to najstarsza odnaleziona konstrukcja tego typu na terenie Anglii (przed jej odkryciem za najstarszą uznawano Sweet Track w pobliżu Glastonbury), a jednocześnie najstarsza konstrukcja drewniana odnaleziona na terenie Londynu.
W 2010 r. w obrębie Belmarsh otwarto instytucję dla młodocianych przestępców HMP Isis.