II wojna światowa W momencie wybuchu wojny we wrześniu 1939 r. Godwin-Austen, wymieniony w sprawozdaniach za służbę w Palestynie, awansował do stopnia brevet generała majora na stanowisko dowódcy 8 Dywizji Piechoty. Gen. Bernard Law Montgomery zrezygnował z dowodzenia tą jednostką i wrócił do Anglii, aby dowodzić 3 Dywizją Piechoty. Źle wyposażona i nieliczna 8 Dywizja odpowiadała za bezpieczeństwo wewnętrzne w brytyjskim mandacie Palestyny. Po rozwiązaniu dywizji w lutym 1940 r. Godwin-Austen został mianowany dowódcą 2 Dywizji Afrykańskiej, która formowała się w Kenii.. Został ponownie wymieniony w sprawozdaniach w lipcu 1940 r.
W połowie sierpnia został wysłany do Somali Brytyjskiego, by przejąć dowództwo nad siłami brytyjskimi podczas włoskiej inwazji. Jego wycofanie się w decydującej bitwie pod Tug Argan oznaczało załamanie się całej brytyjskiej obrony, ale pozwoliło prawie całemu kontyngentowi Brytyjskiej Wspólnoty Narodów na wycofanie się do Berbery i ewakuację drogą morską do Adenu. Szacuje się, że straty Wspólnoty Narodów w tej krótkiej kampanii były wyjątkowo niskie, około 260 (38 zabitych, 102 rannych i 120 zaginionych).