4 września 1939 Niemcy uwięzili w Bytomiu 20 działaczy ZPwN, następnie ich zwolnili i aresztowali ponownie 8 września 1939, po czym przewieźli ich do więzienia w Opolu a następnie 13 września 1939 r. zesłali do obozu koncentracyjnego Buchenwald. Gestapo aresztowało także trzech polskich nauczycieli; pozostali zdążyli wcześniej opuścić Bytom. Majątek polskiego banku w Bytomiu został zagarnięty przez Niemcy. Wielu miejscowych Polaków zostało siłą wcielonych do Wehrmachtu, w wojnie zginęło m.in. 92 uczniów i maturzystów Polskiego Gimnazjum w BytomiuCygański, s. 63.
W Bytomiu znajdowało się niemieckie więzienie z dwoma podobozami pracy przymusowej w Bobrku i Karbie, oraz szereg podobozów pracy przymusowej obozu jenieckiego Stalag VIII B dla jeńców alianckich różnych narodowości, m.in. w kopalniach, w elektrowni i na kolei. Kilkudziesięciu więźniów z więzienia w Bytomiu hitlerowcy wysłali na marsz śmierci w kierunku Głubczyc.
mały|Wojenne zniszczenia w Bytomiu w 1945