Po wygaśnięciu tej gałęzi rodu godność przeszła na cesarza rzymskiego Karola VI. Następcy jego z domu Habsburg-Lothringen są do dziś jako głowy rodu dziedzicznymi wielkimi mistrzami i suwerenami orderu. W latach 1932–2000 był takim szef rodu Otto von Habsburg, od 2000 funkcję pełni jego najstarszy syn arcyksiążę Karol.
Po upadku Austro-Węgier (1918) roszczenia do godności wielkiego mistrza orderu zgłosił król Belgów Albert I Koburg, który uważał, że Złote Runo powinno powrócić do swej burgundzkiej ojczyzny, czyli Flandrii. Możliwość przekazania skarbca orderu i praw do niego Belgii dyskutowano namiętnie na konferencji wersalskiej, ale protest króla Hiszpanii Alfonsa XIII uratował order dla wygnanych Habsburgów. W roku 1953 Republika Austriacka uznała prawo Habsburgów do nadawania Złotego Runa jako orderu domowego.
Następca Habsburgów na tronie hiszpańskim Filip V obwołał się w 1713 wbrew ustaleniom sankcji pragmatycznej wielkim mistrzem hiszpańskiego Orderu Złotego Runa, który w 1847 przybrał charakter odznaczenia dynastycznego i nadawany być może osobom pochodzenia nieszlacheckiego i religii niekatolickiej. Nadawany był także w czasie krótkotrwałego panowania Józefa Bonaparte, który go nadał głównie członkom swej rodziny.