23 stycznia 2006 Arce został mianowany ministrem gospodarki. Był twórcą programu gospodarczego prezydenta Evo Moralesa, w tym nacjonalizacji złóż ropy i gazu, kopalni i firm telekomunikacyjnych. W 2017 z powodu raka nerki, zmuszony był opuścić swój resort. Po zakończeniu leczenia w Brazylii w 2019 ponownie objął urząd ministra gospodarki. W czasie jego urzędowania gospodarka Boliwii była jedną z najszybciej rosnących w Ameryce Południowej (średnio 5% rocznie), PKB kraju powiększyło się ok. 3,5-krotnie, a odsetek osób żyjących w biedzie spadł z 35 do 15%.
Pomimo że boliwijska konstytucja zezwala na jedną kadencję prezydencką, Morales urzędował przez trzy kadencje, a po sfałszowaniu wyborów w 2019 zamierzał rozpocząć rządy po raz czwarty, ale pod wpływem protestów i starć ulicznych armia i policja wypowiedziały posłuszeństwo prezydentowi, który uciekł do Meksyku, gdzie otrzymał azyl.