Środki dezynfekujące lub fungicydy mogą być używane w dipach owocowych i łączone z aplikacjami woskowymi.
Większość obecnie stosowanych fungicydów na kilka dni przed zbiorami może nie zapewniać najwyższego poziomu skuteczności, ponieważ infekcje Penicillium zwykle występują po zbiorach. Dlatego najskuteczniejszym chemicznym sposobem zwalczania mokrej zgnilizny jabłek pozostaje stosowanie fungicydów po zbiorach. Od dziesięcioleci fungicydy pozbiorowe są stosowane jako zraszanie owoców podczas zbiorów lub jako oprysk na linii pakowania. W ostatnich latach jednak najskuteczniejszą metodą stała się termonebulizacja (zwana również zamgławianiem na sucho). Jedną z zalet stosowania mgły jest to, że zmniejsza rozprzestrzenianie się zarodników między pojemnikami w porównaniu do sytuacji, gdy do zraszania używa się nieoczyszczonych pojemników. Chociaż aplikacja mgły nadal wymaga większej optymalizacji pod kątem innych chorób, wykazano, że ma lepszą skuteczność w walce z mokrą zgnilizną w porównaniu ze zwilżaniem. Stosuje się w tym celu fungicydy zawierające tiabendazol, pirymetanil, fludioksonil i difenokonazol. Oprócz tych czterech fungicydów do opryskiwania pozbiorowego zarejestrowany jest również kaptan. Jego skuteczność jest zadowalająca i może wystarczyć przy krótkotrwałym przechowywaniu owoców.