Zastosowanie systemowej antybiotykoterapii należy rozważyć także w przypadku braku odpowiedzi na terapię mechaniczną u pacjentów z potwierdzoną infekcją A. actinomycetemcomitans i/lub P. gingivalis w stadium IV zapalenia przyzębia (wg klasyfikacji chorób przyzębia i tkanek okołowszczepowych z 2017 rokuCaton J.G. i inni: A new classification scheme for periodontal and peri-implant diseases and conditions - Introduction and key changes from the 1999 classification. Journal of Periodontology 2018; 89 Suppl 1:S1-S8).
Podanie antybiotyku powinno być, jeśli to tylko możliwe, poprzedzone wykonaniem badania mikrobiologicznego z oceną lekowrażliwości periopatogenów.
W przypadku terapii empirycznej w mnogich ropniach przyzębnych zaleca się terapię amoksycyliną z kwasem klawulanowym, w przypadku uczulenia na antybiotyki penicylinowe zaleca się podanie azytromycyny, w tym wskazaniu zaleca się podanie antybiotyku równocześnie z terapią mechaniczną.
W przypadku terapii empirycznej w martwiczych chorobach przyzębia zaleca się stosowanie metronidazolu, w tym wskazaniu zaleca się podanie antybiotyku równocześnie z terapią mechaniczną.