Od 2013 przedsiębiorstwo było zagrożone upadkiem z powodu braku zamówieńProtram walczy o byt. Czy miasto pomoże utrzymać firmę?. Na początku lutego 2016 Protram rozpoczął przygotowywanie wniosku upadłościowego, jednocześnie kierując prośbę do MPK Wrocław o wstrzymanie ściągania długów. Spółka poinformowała również o nawiązaniu kontaktu z inwestorem strategicznym. Ostatecznie sąd zdecydował o postawieniu spółki w stan upadłości, a 9 listopada 2016 r. zatwierdził zgodę na odstąpienie od sprzedaży przedsiębiorstwa w całości i sprzedaż majątku w częściach.
Produkcja Zakłady prócz kompleksowych napraw i modernizacji wagonów typu 105N i 105Na produkowały nowe tramwaje 204 WrAs (od 2004 r.) i 205 WrAs (od 2006 r.), a także remontowały wagony typu N. Dostarczyły 12 wagonów typu 204 WrAs i 26 składów typu 205 WrAs dla Wrocławia, 6 wagonów doczep czynnych Alstom Konstal 105N2k/2000 dla Szczecina oraz zmodernizowały ponad 200 wagonów typu 105N dla przedsiębiorstw komunikacyjnych z Gdańska i Wrocławia.