25 kwietnia 1998 znokautował w czwartej rundzie Virgila Hilla. W lipcu tego samego roku spotkał się w walce unifikacyjnej z ówczesnym mistrzem WBA, Lou Del Valle. Jones Jr. wygrał pojedynek na punkty, ale w ósmej rundzie po raz pierwszy w karierze leżał na deskach. W ostatnim pojedynku w 1998 pokonał przez techniczny nokaut w dziesiątej rundzie byłego mistrza WBO w kategorii średniej, Otisa Granta.
W 1999 stoczył tylko dwie walki. W styczniu wygrał już w drugiej rundzie z blisko czterdziestoletnim Richardem Frazierem. W czerwcu wygrał na punkty z mistrzem świata IBF, Reggie Johnsonem i stał się posiadaczem trzech pasów mistrzowskich: WBC, WBA i IBF.
W następnym roku trzykrotnie obronił swoje tytuły – w walkach z Davidem Telesco, Richardem Hallem i Erikiem Hardingiem. W lutym 2001 pokonał przez techniczny nokaut swojego rodaka Derricka Harmona. Pięć miesięcy później pokonał na punkty przyszłego mistrza świata WBO, Julio Cesara Gonzaleza. W 2002 jeszcze dwukrotnie bronił swoich mistrzowskich pasów, nokautując w lutym Glena Kelly, a siedem miesięcy później Clintona Woodsa. W listopadzie 2008 Roy stoczył pojedynek z mistrzem świata Joe Calzaghe, pojedynek trwał 12 rund, po których Roy musiał uznać wyższość rywala.