Organizm kwarantannowy – organizm szkodliwy o potencjalnym znaczeniu gospodarczym dla obszaru zagrożonego, na którym dotychczas nie występuje, albo występuje, lecz nie jest szeroko rozprzestrzeniony i podlega urzędowemu zwalczaniu (definicja Państwowej Inspekcji Ochrony Roślin i Nasiennictwa).
Dziennik Ustaw Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 6 lipca 2015 r. szczegółowo określa zasady dotyczące zakazu sprowadzania tych organizmów do kraju i sposobów ich zwalczania. Wyróżnia następujące grupy tych organizmów:
Część A. Organizmy kwarantannowe, których wprowadzanie oraz rozprzestrzenianie na terytorium Unii Europejskiej jest zabronione: Organizmy kwarantannowe, których występowanie nie jest znane na terytorium UE: Owady, roztocze oraz nicienie, we wszystkich stadiach rozwoju (27 gatunków) Bakterie: Candidatus ssp., Xylella fastidiosa Grzyby: Ceratocystis fagacearum, Chrysomyxa arctostaphyli, Cronartium ssp. (nieeuropejskie), Endocronartium ssp. (nieeuropejskie), Guignardia laricina, Gymnosporangium ssp. (nieeuropejskie), Inonotus weirii, Melampsora farlowii, Mycosphaerella larici-leptolepis, Mycosphaerella populorum, Phoma andina, Phyllosticta solitaria, Septoria lycopersici var.