Kontrowersje 5 maja 2020 roku (zob. COVID-19, pierwsza fala w Wielkiej Brytanii) Neil Ferguson wycofał się z prac w zespole doradczym Sage po opublikowaniu zarzutu hipokryzji, jak określano co najmniej dwukrotne złamanie przez niego reguł kwarantanny (wówczas nieobowiązkowej). Do wprowadzenia tych reguł usilnie przekonywał premiera Borisa Johnsona, skłonnego wówczas do zastosowania szwedzkiego scenariusza przeciwdziałania pandemii. W czasie wywiadu udzielonego BBC 24 lipca premier przyznał, że reakcje rządu były opóźnione („We could have done things differently”).
Ferguson potwierdził, że w okresie dobrowolnej dwutygodniowej samoizolacji, której poddał się w maju po otrzymaniu pozytywnego wyniku testu na koronawirusa, zgodził się na wizyty gościa w swoim domu. Publicznie przyznał się do popełnionego błędu i przeprosił za swoje zachowanie, jednak sprawa stała się tematem licznych nieprzychylnych komentarzy. W części z nich podważano kompetencje Fergusona (nazywanego „Professor Lockdown” lub „The Master of Disaster”, who „created the infamous Imperial College model”).