W edycji III ligi 1958 RKS Sanoczanka zajęła siódme miejsce. W tym sezonie druga drużyna klubu nie występowała już w klasie A, natomiast jedynie rezerwy Sanoczanki uczestniczyły w rozgrywkach rezerw III ligi. W edycji III ligi 1959 RKS Sanoczanka przystąpiła po raz trzeci do rozgrywek na trzecim poziomie (okręgowym), została sklasyfikowana na 10 miejscu wśród 12 uczestników i doznała degradacji (została wyprzedzona bilansem bramkowym przez drużynę Polnej Przemyśl, która utrzymała się w III lidze). Do sezonu 1959 ligi stopień niżej, tj. klasie A grupie południowej, przystąpiła drużyna Sanoczanki Ib, która zajęła ostatnie 15 miejsce, zdobywając jedynie 20 punktów w 28 meczach oraz tracąc aż 105 bramek, przy 27 strzelonych. Mimo dokonanego scalenia nowe zespoły RKS Sanoczanki nie uzyskiwały oczekiwanych wyników zarówno w III lidze, jak i w klasie A, a także w rozgrywkach juniorsko-młodzieżowych, zaś dodatkowo działacze klubowi nie znajdowali porozumienia ze sobą, w związku z czym uwidoczniło się niepowodzenie pod względem sportowym, jak i administracyjnym. W związku z tym działacze klubowi i piłkarscy powołali nowy zarząd klubu 2 grudnia 1959.