Nauka Jundrung Bön to rdzenna tradycja duchowa Tybetu, obecna na długo zanim buddyzm przywędrował z Indii. Według współczesnych tybetologów religię tę można datować na okres ok. 1800 lat p.n.e., a według samej tradycji jest to nieprzerwana linia przekazu rozpoczynająca się osiemnaście tysięcy lat temu. Początkowo jej system zbliżony był do aktywności mahasiddhów, wiele nauk zarówno dzogchen jak i tantr było przekazywanych w systemach rodzinnej dzierżawy linii – z tego co obecnie wiadomo klasztory nie stanowiły tam głównego zaplecza religijnego. Prym wiodły najstarsze klany wywodzące się jeszcze z czasów Tonpy Shenraba jak: Shen, Bru, Zhu, Pa i Me'u. Część z nich przetrwała do czasów współczesnych. Obecnie tradycja Bön podobna jest do szkół buddyzmu tybetańskiego, szczególnie szkoły Ningma, ale podobieństwo to powstało dopiero po przejęciu anturażu buddyjskiego przez "rekonstruktora" Bönu, wielkiego siddhy, późniejszego opata i pierwszej oficjalnej głowy Jungdrung Bön czyli Pierwszego Trizina – Nyame Sherab Gyaltsena (mNyan-med shes-rab rgyal-mtshan).