Oprócz wyżej wymienionych nauk, istnieją jeszcze inne cykle dzogchen kultywowane zgodnie z tradycją wywodzącą się z czasów królestwa Zhang Zhung, jako linie dziedziczne w rodach bonpo przekazywane od stuleci z pokolenia na pokolenie (dotyczy to również Tantr i Mantr).
Na pierwszy rzut oka Jungdrung Bön niewiele różni się od buddyzmu, zawiera bowiem przekazywane w podobnej formie nauki i praktyki medytacyjne, jednakże zdecydowanie bogatszą formę ma zarówno abidharmakosha czyli kosmologia oraz prajniaparamita. W niższych ścieżkach Bön nadal są zachowane nauki szamańskie, które buddyzm tybetański częściowo przejął i kultywuje do dziś (np. „Wyrocznia” – mnich wpadający w trans i poddający się opanowaniu przez dharmapalę w celu wywołania wizji przyszłości – do dziś funkcjonuje na dworze Dalajlamy). M.in. ze względu na te nauki właśnie przez wiele lat tradycja Bön błędnie była stawiana w pozycji „prymitywnej” w stosunku do buddyzmu tybetańskiego. Jednakże po inwazji Chin na Tybet i masowej emigracji nauczycieli obu tradycji z Tybetu nastąpiło znaczne zbliżenie i dużo lepsze poznanie tradycji Bön na Zachodzie.