17 października 1931 roku Flotylla Pińska została przemianowana na Flotyllę Rzeczną Marynarki Wojennej, a 25 października „Generał Szeptycki” zakończył kampanię i trafił do rezerwy.
Kolejną kampanię letnią okręt rozpoczął 1 maja 1932 roku, wraz z resztą jednostek tworzących 3. dywizjon bojowy. Flotylla operowała na wodach nadgranicznych w rejonie Przewozu Kozaka, a także na środkowym Strumieniu, Prostyrze oraz Horyniu. 15 października „Generał Szeptycki” został odstawiony do rezerwy, obsadzony przez załogę szkieletową. W kwietniu 1933 roku szef Kierownictwa Marynarki Wojennej, kontradmirał Jerzy Świrski przedstawił plan rozbudowy Floty, w którym m.in. znajdowała się przebudowa OORP „Generała Szeptyckiego”, „Generała Sikorskiego” i „Hetmana Chodkiewicza” na okręty obrony przeciwlotniczej. Ostatecznie jednak fundusze pozwoliły na przebudowę jedynie dwóch jednostek („Generała Sikorskiego” i „Hetmana Chodkiewicza”), choć przebudowa „Generała Szeptyckiego” nadal znajdowała się w planach (z terminem realizacji do 1940 roku). 1 maja większość okrętów 3. dywizjonu (OORP „Generał Szeptycki”, „Toruń” i 3. grupa kutrów uzbrojonych) rozpoczęła kampanię czynną. Podczas jednego z rejsów na okręcie doszło do uszkodzenia steru.