Padł ofiarą walki o władzę i wpływy w łonie filipińskich sił rewolucyjnych, został zamordowany na zlecenie generała Emilia Aguinaldo.
Poza swoją działalnością niepodległościową i burzliwą karierą w rodzących się siłach zbrojnych Filipin, został zapamiętany również za swoje badania nad malarią. W 1893 opublikował El Hematozoario del Paludismo, pracę poświęconą tej właśnie tematyce, ciepło przyjętą przez środowisko medyczne. Wśród innych istotnych publikacji naukowych Luny wymienia się Notas bacteriologica y experimentales sobre le Grippe oraz Memoria sobre analisis de las aguas termales de Sibul. Jako farmaceuta był związany z manilskim Laboratorio Municipal, zdobył również uznanie jako uczony. Kilka lat po jego śmierci amerykańscy biurokraci poszukujący odpowiedniego kandydata na stanowisko szefa amerykańskiego laboratorium miejskiego Manili wspominali właśnie o Lunie, najwyraźniej nieświadomi tego, że poniósł śmierć.
Podobnie jak wielu współczesnych sobie intelektualistów filipińskich był wolnomularzem.
Jest patronem ulic w wielu filipińskich miastach. Jego rola w wojnie filipińsko-amerykańskiej stała się podstawą filmu Generał Luna (2015) w reżyserii Jerrolda Taroga. W postać Luny wcielił się w nim John Arcilla.