Rodzaje pangenomu Uważa się, że niektóre gatunki bakterii mają nieograniczony repertuar genów, a inne gatunki są ograniczone przez maksymalną liczbę w puli genów. mały|Open/closed pangenomes Otwarty pangenom: liczba genów pangenomu wzrasta wraz z liczbą dodatkowo sekwencjonowanych szczepów. Innymi słowy jego rozmiar zwiększa się w nieskończoność podczas dodawania nowych genomów. Przykład: Escherichia coli. Zamknięty pangenom: w tym przypadku dodanie nowych genomów nie doprowadzi do odkrycia nowych możliwości kodowania. Sekwencjonowanie genów nowych szczepów nie dostarczy nowych genów do pangenomu. Pangenom zamknięty jest typowy dla gatunków żyjących w izolowanych niszach z ograniczonym dostępem do globalnej puli genów drobnoustrojów. W przypadku tych gatunków niewielka liczba zsekwencjonowanych szczepów obejmuje już cały pangenom. Przykład: Bacillus anthracis.