Wagi rodziny genów Geny rdzeniowe, tj. rodziny genów obecne we wszystkich genomach, przyczyniają się do braku różnic między genomami i mogą zostać odrzucone – mając wagę zerową. Inne rodziny genów również mogą mieć obniżoną wagę. Geny obecne tylko w jednym genomie, określanym jako ORF, są często wątpliwe i mogą być produktem zbyt wrażliwych wyszukiwarek genów. Dlatego też nadanie takim genom zerowej wagi poprawia odporność drzewa genomowego na tego typu błędy.
Przykład – analiza genomowa Bifidobacterium longum W celu określenia zawartości genetycznej, różnorodności i ogólnej charakterystyki B. longum przeprowadzono sekwencjonowanie genomu 20 wybranych izolatów w celu analizy porównawczej w odniesieniu do szeregu publicznie dostępnych genomów tego szczepu. Aby ułatwić spójną analizę porównawczą, przeprowadzono jednorodną prognozę otwartej ramki odczytu (ORF). Zsekwencjonowane genomy zostały pobrane z bazy danych NCBI. Zdefiniowano pulę 1200 rodzin genów, które są wspólne dla 20 genomów B. longum i w pełni zsekwencjonowano genomy B. longum reprezentując w ten sposób przewidywany genom rdzenia. Zaobserwowano rodziny genów zaangażowane w proces kolonizacji i adaptacji do środowiska gospodarza (np.