W jednym z sezonów klub był bliski sprzedania licencji zespołowi Juca, do czego nie dopuścili ówcześni zawodnicy, zrzekając się w zamian swoich pensji.
W 1998 roku klub ponownie przeszedł pod skrzydła rady miasta, a już w 1999 roku po pokonaniu Achuapy (2:1) powrócił do Liga Nacional po 16 latach przerwy. Występował w niej w latach 1999–2006. W tym okresie wywalczył pierwszy większy sukces w historii w postaci wicemistrzostwa Gwatemali (Clausura 2001). W latach 2006–2010 grał w drugiej lidze gwatemalskiej, w latach 2010–2011 w trzeciej, zaś w latach 2011–2014 ponownie w drugiej.
W 2014 roku Antigua kupiła licencję klubu CD Heredia i tym samym powróciła do najwyższej klasy rozgrywkowej. Szybko dołączyła do grona czołowych drużyn w lidze i pod wodzą trenera Mauricio Tapii wywalczyła trzy pierwsze w historii klubu tytuły mistrza Gwatemali (Apertura 2015, Apertura 2016, Apertura 2017). W 2016 roku klub po raz pierwszy wziął udział w rozgrywkach międzynarodowych, w Lidze Mistrzów CONCACAF, lecz odpadł już w fazie grupowej.