W r. 1846 opuścił Paryż i ostatecznie porzucił studia prawnicze, poświęcając się bez reszty pisarstwu, co umożliwiał mu znaczny (pół miliona franków) spadek po ojcu, którym jednak z woli spadkodawcy zarządzała jego matka. Powrócił do Croisset w pobliżu Rouen i zamieszkał w domu matki spędzając tam resztę życia. Niekiedy tylko udawał się do Paryża i do Anglii. W latach 1846–1855 utrzymywał trwały związek ze sporo starszą, bo 34-letnią, bardzo znaną poetką Louise Colet; zdaniem biografów był to jedyny poważny związek miłosny w jego życiu. Odtąd bowiem ograniczał się do związków platonicznych i towarzyskich, zwłaszcza w środowisku literatów; korzystał też z usług prostytutek. Utrzymywał jedynie bliski kontakt rodzinny ze swą siostrzenicą Caroline Commanville. Nigdy się nie ożenił i nie pozostawił potomstwa. Nie chciał mieć dzieci, ponieważ twierdził, że „nikomu nie przekaże przykrości i hańby istnienia”List do Louise Colet (11 grudnia 1852). Pod względem ideowym był panteistą. Podczas pobytu nad jeziorem Como w 1845, Flaubert miał, jak sam wspomina, namiętnie ucałować rzeźbę przedstawiającą Psyche i Kupidyna, co wskazuje, że mógł cierpieć na kompleks Pigmaliona.