13 września 2011, przestał pełnić obowiązki pierwszego trenera.
Następnie przeniósł się do Austrii i trenował juniorów Red Bull Salzburg (styczeń – maj 2012) oraz pierwszą drużynę Sturmu Graz (maj 2012 – kwiecień 2013). W 2014 został na kilka miesięcy asystentem trenera Saschy Lewandowskiego w Bayerze 04 Leverkusen, a następnie, od lipca 2014 do czerwca 2016, trenerem drużyny młodzieżowej (U-19). W sezonach 2014/2015 i 2015/2016, prowadził klub w dwunastu meczach rozgrywek Ligi Młodzieżowej UEFA.
Od tego czasu prowadził już wyłącznie pierwsze drużyny. W lipcu 2016 został ogłoszony trenerem holenderskiego NEC Nijmegen, które prowadził do 27 kwietnia 2017.
Od 16 lipca 2018 do 3 stycznia 2020, trenował słowacki klub DAC Dunajská Streda, z którym zdobył wicemistrzostwo Słowacji.
Od 3 lutego do 3 lipca 2020, trenował NAC Breda. Z holenderskiego klubu odszedł po jedynie 7 meczach, w których odniósł jedną porażkę. Powodem był jego konflikt z zarządem, który dotyczył częstych transferów zawodników, którzy w opinii Hyballi, posiadali nikłe umiejętności.