Kariera trenerska Josef Doboš po zakończeniu kariery sportowej rozpoczął karierę trenerską. W latach 2003–2005 był asystentem trenera w Slezanie Opawa, a w latach 2003–2007 trenował zespoły juniorskie klubu: U-20 (2003–2005) i U-18 (2006–2007). Następnie w latach 2007–2008 pracował w HC Nowy Jiczyn: jako asystent w zespole U-18 (2007–2008) oraz w 2008 roku jako asystent w pierwszym zespole. W latach 2008–2009 trenował Duklę Trenczyn U-20, a w 2009 roku trenował zespół U-15 kraju morawsko-śląskiego.
15 kwietnia 2009 roku został trenerem klubu Polskiej Ligi Hokejowej – Unii OświęcimJosef Doboš nowym trenerem TH Unia Oświęcim [data dostępu: 2009-04-15], jednak po kilku miesiącach odszedł z klubu. 25 listopada 2009 roku został trenerem KTH KrynicyCzech Josef Doboš trenerem kryniczan [data dostępu: 2009-11-25]. W sezonie 2011/2012 spadł z klubem do I ligi, a po nie wywalczeniu awansu do Polskiej Ligi Hokejowej w sezonie 2011/2012 odszedł z klubu.