Sytuacja zmieniła się w 2002 roku, kiedy prezydentem Warszawy został Lech Kaczyński. Obiecał on powstańcom, że Muzeum zostanie wybudowane na 60. rocznicę wybuchu powstania warszawskiego. W roku 2003 Jan Ołdakowski wspólnie z Pawłem Kowalem, Leną Dąbkowską-Cichocką i Joanną Bojarską opracowali koncepcję przyszłego Muzeum. W lipcu tego samego roku zapadły najważniejsze decyzje: powołano pełnomocnika ds. budowy Muzeum Powstania Warszawskiego (którym został Ołdakowski), przeznaczono na siedzibę Muzeum zabytkowy budynek dawnej Elektrowni Tramwajowej, powołano Radę Honorową i Radę Programową Muzeum Powstania Warszawskiego. W grudniu 2003 Rada Warszawy uchwaliła rezolucję dotyczącą ustanowienia nowej instytucji kultury – Muzeum Powstania Warszawskiego.
Konkurs koncepcji architektonicznej, ogłoszony w sierpniu 2003, wygrał projekt Wojciecha Obtułowicza. Pod jego kierunkiem zrealizował go zespół architektów w składzie: Łukasz Kępski, Grzegorz Lechowicz, Paweł Geroch i Małgorzata Mondalska-Duma, przy współpracy architektów: Sylwii Kasprzyk, Piotra Wysogląda i Marcina Piotrowskiego. W konkursie na opracowanie koncepcji plastycznej ekspozycji zwyciężył zespół w składzie: Jarosław Kłaput, Dariusz Kunowski i Mirosław Nizio.