Po wybuchu powstania styczniowego mimo podeszłego wieku został zesłany z Odessy, gdzie przebywał na leczeniu, do Wałujek w gubernii woroneskiej. Wiosną 1867 uzyskał pozwolenie opuszczenia guberni pod warunkiem stałego zamieszkania w Chersoniu, dokąd przybył w lipcu i zmarł we wrześniu tegoż roku.
Wybrane prace Plan lekcyj higieny, czyli nauki zachowania zdrowia mającej się wykładać po szkołach publicznych, Warszawa 1826 Dziennik podróży do Krymu odbytej przez Karola Kaczkowskiego Dra med., Warszawa 1829 O używaniu preparatów chloru przeciw zarazom i szkodliwym wyziewom, Warszawa 1831 O wpływie klimatu, płci, wieku i temperamentów na zdrowie człowieka, Lwów 1833 O wpływach ciała i umysłu na zdrowie ludzkie, Wilno 1844, „Athenaeum” O przepisach wychowania w wieku niemowlęcym, dziecinnym i młodzieńczym, Wilno 1845, „Athenaeum”