Po 1935 został przesunięty na stanowisko II zastępcy dowódcy 28 pp (kwatermistrza) i pozostał na nim do 1939.

W czasie kampanii wrześniowej 1939 dostał się do sowieckiej niewoli. Przebywał w obozie w Kozielsku. Między 9 a 11 kwietnia 1940 został zamordowany przez funkcjonariuszy NKWD w Katyniu i tam pogrzebany. Od 28 lipca 2000 mieści się tam Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu.

Karol Zaprutkiewicz był żonaty z Zofią z Bucheltów (1895–1922), z którą miał syna Jerzego.

5 października 2007 minister obrony narodowej Aleksander Szczygło mianował go pośmiertnie na stopień podpułkownikaDecyzja Nr 439/MON Ministra Obrony Narodowej z dnia 5 października 2007 w sprawie mianowania oficerów Wojska Polskiego zamordowanych w Katyniu, Charkowie i Twerze na kolejne stopnie oficerskie. Decyzja nie została ogłoszona w Dzienniku Urzędowym MON.. Awans został ogłoszony 9 listopada 2007, w Warszawie, w trakcie uroczystości „Katyń Pamiętamy – Uczcijmy Pamięć Bohaterów”.

Ordery i odznaczenia Krzyż Walecznych trzykrotnie Srebrny Krzyż Zasługi – 10 listopada 1928M.P. z 1928 r. nr 260, poz.