Należy do społeczności Ezhavów, stanowiącej około 23 procent populacji Kerali. Ezhavowie nie mieszczą się w tradycyjnym porządku warnowym, indyjska konstytucja sytuuje ich w obrębie tak zwanych Other Backward Classes (OBC). Polityk doświadczał dyskryminacji na tle kastowym w swym życiu, tak publicznym jak i prywatnym, nawet już po przejęciu władzy w Kerali i zaprzysiężeniu na premiera.
Młodość i edukacja Vijayan był najmłodszym z czternaściorga dzieci, jak również jednym z trzech, które dożyły wieku dorosłego. Dosyć bojaźliwy i przesądny jako dziecko, obawiał się duchów oraz demonów. Wyraźnie bał się samotności, starał się zawsze przebywać w towarzystwie innych osób. Podczas nauki czy pracy nad materiałem poznanym w szkole przesiadywał z reguły w kuchni, zwłaszcza gdy w pobliżu znajdowała się jego matka.
Wcześnie stracił ojca. Dorastał przy tym wysłuchując opowieści o brutalności policji wobec działaczy zdelegalizowanej partii komunistycznej. Opowieściom tym przypisywał zresztą później znaczną rolę w procesie swej politycznej ewolucji oraz ukształtowaniu się lewicowego światopoglądu. Pewne znaczenie mógł też mieć w tym miejscu przykład płynący z rodziny.