W 2016 roku prezesem klubu został Neto Bran, nowo wybrany burmistrz Mixco, znany ze swojego ekscentrycznego zachowania. Przez kolejne trzy lata przeznaczył na klub kwotę 10,7 miliona quetzali ze środków publicznych, znacznie większą niż inne utrzymywane przez miasta kluby w Gwatemali. Komisja Nadzoru Finansowego Gwatemali (Contraloría General de Cuentas) zaleciła miastu zmniejszenie wydatków na klub piłkarski, jednak bezskutecznie. W 2019 roku Mixco wywalczył historyczny awans do gwatemalskiej Liga Nacional. Bezpośrednio po tym Bran ściągnął do zespołu zawodników z przeszłością w czołowych gwatemalskich klubach.
W grudniu 2019 piłkarze Mixco odmówili treningów, protestując przeciwko trzymiesięcznym opóźnieniom w wypłatach. W pierwszej lidze klub występował w latach 2019–2020, po czym spadł z powrotem do drugiej ligi. Relegacja nastąpiła w kontrowersyjnych okolicznościach. Ze względu na pandemię COVID-19 decyzją Gwatemalskiego Związku Piłki Nożnej (FEDEFUT) sezon przerwano 9 kolejek przed końcem, i choć zdecydowano się nie wyłaniać mistrza, to utrzymano spadki i awanse.